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Ressources de calcul

par Rolland Julien Yves - publié le , mis à jour le

De son PC aux offres des serveurs nationaux

Il existe 4 niveaux de ressources de calcul :

  • Son PC
    Ordre de grandeur : 50 G Flops
  • Les serveurs nationaux
    Ordre de grandeur : 1 P Flops

Le serveur de calcul disponible au LMB

 1. Vue d’ensemble du matériel

Machine bi-processeur octo-coeur (64 bits - Little Endian) :

  • Marque Dell Poweredge R630
  • Processeur Intel Xeon E5-2667 v3 (x2)
    • 8 coeurs
    • 16 threads
    • Fréquence : 3.2 GHz (base) -> 3.6 GHz (max)
    • Cache L3 : 20MB
    • Cache L2 : 256K
    • Cache L1i/d : 32K
  • Mémoire RAM 64 Go
  • Disque dur 500 Go
  • Localisation dans la salle de serveurs (climatisée)

  2. Vue d’ensemble des logiciels installés

La plupart des compilateurs sont disponibles sans manipulation particulière.
Les logiciels de calculs sont régulièrement maintenus à jour. Quelques rares cas sont accessibles sans manipulation particulière, la plupart nécessite l’utilisation des commandes module pour les activer. La commande module avail permet d’accéder à la liste des logiciels et des versions disponibles.

2.1 Système d’exploitation

  • Une distribution Debian stable 8 "Jessie"

2.2 Compilateurs/debbugers disponibles

  • GCC (Gnu Compiler Collection) version 4.9.2 incluant :
    • gcc (Compilateur GNU pour C)
    • g++ (Compileur GNU pour C++)
    • gfortran (Compilateur GNU pour Fortran)
  • GCC (Gnu Compiler Collection) version 6.3 incluant (via module) :
    • gcc (Compilateur GNU pour C)
    • g++ (Compileur GNU pour C++)
    • gfortran (Compilateur GNU pour Fortran)
  • gp2c (Compileur GP vers C) en version 0.0.9pl5 (via module)
  • gp2c (Compileur GP vers C) en version 0.10 (via module)
  • OpenMPI version 4.9.2 incluant :
    • mpicc (Wrapper pour C)
    • mpic++ (Wrapper pour C++)
    • mpif77 (Wrapper pour Fortran 77)
    • mpif90 (Wrapper pour Fortran 90)
  • Python version 2.7.9
  • Python version 3.4.2
  • Qt version 4.8.6
  • gdb (debbugueur GNU de la GCC) version 7.7.1
  • pdb (debbugueur python) version 2.7.9 et 3.4.2
  • ipdb (debbugueur python basé sur Ipython) version 0.8
  • GNU Make version 4.0
  • CMake version 3.0.2
  • PKG-config version 0.28

2.3 Logiciels et librairies

  • Librairies BLAS version 1.2.20110419 (de base)
  • Boost C++ libraries version 1.55 (de base)
  • FEniCS (consulter J.Y. Rolland)
  • FreeFem++ version 3.44 (via module)
  • FreeFem++ version 3.51-3 (via module)
  • Librairies LAPACK version 3.5.0 (de base)
  • Maple version 15 et 2015 (via module)
  • Matlab version 2012a et 2015a (via module)
  • Librairies MPI compilées sur la GCC 4.9.2
  • Librairies MUMPS version 4.10.0 (de base)
  • Pari/GP version 2.7.5/stable 2.9.1/stable et 2.8.0/dev (via module)
  • Sage version 6.10 (via module)
  • Scilab version 5.5.2 (via module)
  • R est installé en version 3.2.3 (de base) 2.15.3 (via module)

2.4 Utilitaires

  • screen : Multiplexeur de terminaux interactifs permettant de gérer ses terminaux physiques par session depuis différents points de connexion
  • tmux : Alternative (un peu) plus conviviale à screen

 3. Accès au serveur et aux applications depuis un poste client

La documentation se trouve sur notre intranet (rubriques "Fiches pratiques" puis "Accès à gauss").